肉中肌纤维蛋白和胶原蛋白的含量是影响肉类柔软的主要原因。在屠宰动物后，蛋白酶作用于肌肉组织，使肌肉纤维蛋白和胶原降解通过一系列复杂的化学反应，从而增加肉的压痛并将肌肉转变为可食用的肉，但在此期间酶酶的活力也在变化，内源性蛋白酶的酶水解远远不够。蛋白酶还可以改善肉类食品中的各种营养指标，这有利于肉类食品深层加工行业的发展。研究发现，适量的胰蛋白酶可以促进肉类中蛋白质的水解，并增加诸如小氨基酸肽的风味物质，这对于改善肉类食品的味道具有重要意义。
烘焙食品主要是指面粉作为主要原料的面包，蛋糕和饼干，这是通过烘焙通过一系列复杂的工艺方法制备的便利食品。面粉含有淀粉酶，蛋白酶，戊糖酶和其他酶。蛋白酶的主要功能是减少面粉的麸质，提高谷蛋白的可塑性，增加面团体积，改善面团韧性，缩短面团成型时间。
诸如啤酒和茶饮等液体饮料含有大量蛋白质。在储存期间，蛋白质碰撞和沉淀物，这严重影响了饮料的味道和随后的销售。然而，蛋白酶制剂可以有效地解决上述情况。该蛋白酶作用于蛋白质，将其分解成小肽和氨基酸，这不仅可以减轻饮料中的沉淀现象，而且还增加了其中所含的风味物质。该研究发现，蛋白酶治疗后茶汁中氨基氮的含量增加13％至39％，茶汤的鲜味和味道得到了有效改善。通过在啤酒生产中添加中性蛋白酶，除去不稳定的物质，减少了大分子蛋白质的含量，并且储存过程中啤酒的稳定性得到改善。研究表明，蛋白酶还可以促进抛弃糖浆发酵以消除果酒和葡萄酒的令人不愉快的味道，并且对消除果酒，葡萄酒和米酒的浊度也具有显着影响。此外，蛋白酶还对新饮料的研究和开发作出了巨大贡献。使用中性蛋白酶以开发橙汁花生肽饮料，易消化，含有高营养和独特的风味，可以改善特殊人群的蛋白质需求。
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